Le Syndicat Mixte Blavet Scorff Ellé Isole Laïta (SMBSEIL) est gouverné par un comité syndical de 24 élus issus des organisations constituantes :
- Région Bretagne
- Lorient Agglomération
- Pontivy Communauté
- Centre Morbihan Communauté
- Roi Morvan Communauté
- Quimperlé Communauté
Présidente : Armelle NICOLAS, vice-présidente de Lorient Agglomération et maire d'Inzinzac-Lochrist (56).
1ère Vice-Présidente : Danièle KHA, vice-présidente de Quimperlé Communauté et 1ère adjointe au Maire de Quimperlé
2ème Vice-Président : Jean-Charles LOHÉ, vice-président de Roi Morvan Communauté et Maire de Locmalo (56)
Composition du Comité syndical du SMBSEIL : 24 élus

Ce schéma synthétise l'ensemble de cette organisation :

3 salariés du SMBSEIL opèrent particulièrement sur le territoire Ellé-Isole-Laïta :
- Pierre TIMMERMAN, animateur du SAGE et du PAPI, référent du territoire EIL
- Vanessa THORIN, technicienne Milieux Aquatiques, Qualité des eaux, appui aux SAGE
- Bérengère FRITZ, animatrice du site Natura 2000 Rivière Ellé
Ces 3 personnes sont encadrées par Annie LE LURON (Directrice) et assistées par Magali LE LIBOUX-LE PARC, en charge de la gestion administrative et comptable du syndicat.